「有機耕作」這個名稱在近年愈為市民及農民所認識，一般我們會將其理解為「沒有使用化學農藥及化學肥料的耕作方法」。但深入點理解，「有機耕作」是一種經濟、社會和環境三方面得到平衡，透過促進生物多樣性和土壤生物活動，盡量減少外來投入，從而達到農民有足夠收入、消費者可以享受健康而優質的蔬菜和自然環境得到保育的耕種方法。
 

根據聯合國糧農組織(FAO)及世界衛生組織(WHO)所組成，以制定食物標準為工作的食物法典委員會(CODEX)，於1999年訂定，在2001年修訂的《有機食品生產、加工、標籤及銷售指引》：

「有機耕種是一套整全的農業生產管理系統，它會改善農場的生態系統，包括生物多樣性、生物循環及泥中的生物活動。它強調管理操作，而非靠投入外來物料，且考慮到各地區本土系統的需要而作適應配合。它會以農業、生物或者機械方法來代替人工合成的物質以進行農耕活動。」
 

另外，國際有機農業聯盟的《IFOAM有機生產及加工基本標準》（2002年版），可以豐富我們對有機耕種的理解：「有機農業是一套基於一定程序的整全系統，它的結果是可持續的生態系統、安全的食物、良好的營養、動物福利與及社會公義。故此有機農業，不單只是一套容許或不容許使用某些物質的生產系統。」
有機耕作講求的是經驗和技術，生產者無論在播種時間、品種選擇、輪種計劃、生物防治等方面，都需要經過計劃並掌握作物的生長特性，才會種出健康及強壯的作物。因此，有機耕種是一門跨專業的學問，內裡包含農業、生物及環境科學等方面的知識。